Fundusz Spójności powstał na mocy Traktatu z Maastricht o utworzeniu Unii Europejskiej z 1991 r., który wszedł w życie w 1993 r. Fundusz Spójności został powołany w celu zmniejszania różnic w poziomie gospodarczo-społecznym krajów i regionów Unii Europejskiej. Różnice w poziomie ekonomicznym pojawiły się wraz z przyjmowaniem do Unii kolejnych państw członkowskich, których wyniki gospodarcze odbiegały od państw najbardziej rozwiniętych. W dalszej perspektywie zapewnienie równowagi gospodarczej i społecznej krajów członkowskich wiązało się z planami wprowadzenia unii gospodarczo-walutowej. Fundusz Spójności miał dostarczyć wsparcia finansowego na realizację dużych inwestycji związanych z rozwojem lub modernizacją infrastruktury transportowej i ochrony środowiska.

Przed rozszerzeniem Unii Europejskiej w maju 2004 r. z pomocy w ramach Funduszu Spójności korzystały cztery kraje: Grecja, Hiszpania, Irlandia i Portugalia. Od 1 styczna 2004 r. do wsparcia z Funduszu Spójności przestała kwalifikować się Irlandia. Dzięki pomocy z Funduszu Spójności kraje te mogły osiągnąć kryteria konwergencji dla unii gospodarczej i walutowej, a także kontynuować inwestycje infrastrukturalne. Od dnia 1 maja 2004 r., oprócz wyżej wymienionych państw członkowskich, z pomocy Funduszu Spójności korzysta 10 nowych państw członkowskich, w tym Polska.